根据主要职责，市商务委设13个内设机构。

（一）办公室

负责文秘、会务、机要、档案、机关后勤等日常工作；承担政务信息、对外宣传、保密、信访、安全保卫及综合治理；办理人大、政协议案、提案；督办重要工作事项；负责各项资产管理及财务工作。

（二）政策法规科（行政审批科）

承担有关规范性文件的合法性审核；承办有关行政复议和行政应诉工作；承担协调商务领域反垄断申诉和调查、反倾销、反补贴、公平贸易、产业损害调查相关工作；负责商务中长期发展规划；研究分析国际国内形势和全市商务经济发展变化趋势，围绕对外开放、区域和次区域合作、内贸流通等商务工作中的重大问题提出对策建议；负责组织实施重点课题调研等；负责依法行政和政务公开工作；负责统一受理行政审批申请，统一送达行政审批决定。

（三）市场秩序科

承担牵头协调整顿和规范市场经济秩序的相关工作，建立健全督查督办和评估考核体系，组织开展专项整治，打击扰乱市场秩序的行为；牵头消除地区封锁、打破行业垄断的有关工作；推进商务诚信体系建设，促进信用销售和信用服务业发展，规范商业信用支付行为，建立市场诚信公共服务平台；负责商务综合行政执法工作；推动各类无店铺销售规范发展，负责直销管理；规范商贸企业交易行为，牵头组织规范零售企业促销和零售商、供应商建立公平的交易关系；承担流通领域食品安全相关工作，推动追溯体系建设，按职责分工管理药品流通并牵头综合工作；按照有关规定对石油成品油流通进行监督管理。

（四）市场体系建设科

负责组织起草市场体系建设的有关规范性文件；拟订城市商业网点规划、促进市场体系建设和城乡市场发展的政策，研究提出引导市内外资金投向市场体系建设的政策；负责推进商品体系建设、社区商业和家政发展，规范大型商业项目和商业集聚区发展，推进农村市场和农产品流通体系建设，促进产销衔接；按有关规定对汽车流通行业进行监督管理，指导报废汽车管理、老旧汽车更新。

（五）市场运行和消费促进科

牵头组织开展市场运行监测和服务行业统计，商务运行状况综合工作；，监测分析市场运行、商品供求状况，调查分析商品价格信息和行业发展状况，进行预测预警和信息引导；承担建立健全生活必需品市场供应应急管理机制相关工作；承担重要消费品储备（肉类及部分生活必需品等）管理和市场调控的有关工作；统筹商务领域消费促进工作，负责提出商务领域促进消费的工作措施和政策建议；承担“菜篮子”商品市场供应和协调管理有关工作；负责会展业促进与管理，规划、指导各类非商业性办展活动。

（六）商贸与流通业发展科

研究提出推动流通业发展的政策、建议并组织实施；负责流通业发展、协调、管理工作；抓好物流产业推进工作,促进现代物流业的快速发展;推动连锁经营等现代流通方式发展，负责商业特许经营相关管理工作；推动再生资源体系建设和流通领域节能减排；对拍卖、典当、中介、租赁和旧货流通、免税商店等行业进行监督管理；指导商贸流通领域安全生产管理工作；承担商贸服务业（含餐饮业、住宿业）的行业管理工作；牵头促进境内服务外包发展工作。

（七）电子商务和信息化科

拟订我市商贸领域信息化发展规划、运用电子商务开拓国内外市场的相关管理办法并组织实施；支持商贸企业电子商务应用，促进网络购物等面向消费者的电子商务的健康发展；贯彻落实商务领域电子商务相关标准和规则;建立完善柳州市商务信息公共服务体系，推动电子商务服务体系、电子商务统计和评价体系建设；承担委电子政务及政府网站管理工作。

（八）重点项目促进科

负责统筹推进柳州市商贸服务业重点项目建设综合管理；编制商贸服务业重点建设项目中长期规划，制定年度统筹推进的商贸服务业重点项目实施方案并牵头组织实施；负责柳州市商贸服务业重点项目库建设；提出加强商贸服务业重点项目管理政策、法规性文件并组织实施；协调解决商贸服务业重点项目建设过程中的突出问题；负责全市商贸服务业招商引资的组织、指导和协调工作。

（九）对外贸易科

拟订柳州市对外贸易发展规划并组织实施；负责自治区下达我市的重要工业品、原材料和重要农产品（除粮食、棉花外）进出口总量计划的组织实施；负责进出口商品配额、关税配额的申报并组织实施；组织、管理和指导境内外涉外商品交易会；协调指导外贸促进体系建设；监测、分析全市对外贸易运行状况，研究外贸运行和结构调整中出现的重大问题，提出相关措施建议；对外贸易进出口的统计分析及信息发布；组织进出口预警、市场运行和商品供求监测体系建设，以及维护产业安全工作；指导、督促对外贸易、出口加工企业在进出口环节的安全生产管理；承担促进境外服务外包发展工作。

（十）机电产品进出口办公室

拟订全市机电产品和高新技术产品进出口发展规划和年度计划并组织实施；负责全市进口机电产品国际招标管理工作；负责全市机电产品进出口管理工作；负责全市技术贸易管理工作；承担机电产品和高新技术产品进出口促进工作；负责汽车零部件出口基地有关项目的审核和申报相关工作，并监督实施。

（十一）对外经济合作科

拟订全市对外投资、对外承包工程及劳务合作发展规划并组织实施；负责制定推进对外投资、承包工程及劳务合作发展的政策措施并组织实施；负责全市境外投资（金融类除外）、对外承包工程、劳务合作、接受国际无偿援助和对外援助的管理以及拟订业务管理办法；综合管理本市公民出境就业，承担外派劳务和境外就业人员的权益保护相关工作；负责外援项目和对外援助项目实施情况的检查工作；组织承办中国—东盟（柳州）汽车、工程机械及零部件博览会。

（十二）口岸管理科（打击走私综合治理办公室）

负责拟订全市口岸发展规划并协调组织实施；指导全市口岸基础建设；负责口岸设立、撤销、重新启用、恢复运行的审理上报；牵头做好电子口岸建设工作；做好全市口岸系统各单位之间的协调和服务工作；组织处理口岸现场发生的重大突发事件；负责全市打击走私的组织、协调、指导和监督工作。

（十三）人事科（纪检监察室）

承担机关及所属单位机构编制、人事劳资、队伍建设、教育培训、离退休人员管理、计划生育工作;负责委管出国人员政审及柳州市外派我国驻外经济商务机构、代表机构人员选派和管理工作；负责机关、直属单位党群工作；负责机关、直属单位纪检监察、绩效考评工作。